Die meisten Gewässer im Untersuchungsgebiet sind nicht natürlich entstanden. Fließgewässer wurden zum Teil begradigt oder werden unterirdisch geführt, um das Wasser effektiver ableiten zu können. Das hat zu einem beträchtlichen Verlust an biologischem Wert geführt. Die Fließgewässer selbst und insbesondere ihre nicht landwirtschaftlich genutzten Ufersäume sind nach wie vor wichtige Ausbreitungskorridore für Tiere und Pflanzen.

Entscheidend für die biologische Bedeutung von Stillgewässern sind die Lichtverhältnisse. Nur wenn ausreichend Licht auf den Gewässergrund gelangt, können dort Pflanzen wachsen. Die besten Bedingungen finden sich in Stillgewässern mit geringer Tiefe, die nicht von Schatten werfenden Bäumen umgeben sind und deren Wasserqualität nur gering mit Nährstoffen belastet ist, so dass Algen nur schlecht gedeihen können. Unter diesen Bedingungen sind Stillgewässer wertvolle Lebensräume für Amphibien und Libellen, denn sie benötigen sonnige Wasserflächen, sauberes Wasser und submerse Pflanzen.

Artenlisten und Bewertung
Sämtliche Still- und Fließgewässer in den Untersuchungsgebieten auf Fehmarn und Lolland wurden von Biologen untersucht und kartografisch erfasst. Anhand der Untersuchungsergebnisse erstellten Biologen Artenlisten und nahmen eine Bewertung der Gewässer vor. Die Wertigkeit wird  u. a. von den im Gewässer vorhandenen Tieren und Pflanzen bestimmt. Bei Stillgewässern sind auch der Nährstoffeintrag und die Unterwasservegetation von Bedeutung. Außerdem spielt es eine Rolle, ob ein Gewässer isoliert liegt und ob es als Habitat für Amphibien geeignet ist. In die Bewertung von Fließgewässern fließen Faktoren wie Gewässerbreite und -tiefe sowie die Strömungsgeschwindigkeit ein.

Hinter dem hohen Schilfrohr glitzert ein schmaler Gewässerlauf. Solche Gewässer sind häufig auf Fehmarn und Lolland zu finden, denn viele landwirtschaftlich genutzte Flächen werden über Gräben dieser Art entwässert (Foto: Susan Helena Boëtius).

Die Gebänderte Prachtlibelle bevorzugt Wasserläufe. Diese müssen jedoch eine recht gute Wasserqualität und eine vielfältige Unterwasservegetation aufweisen. Obwohl die meisten Wasserläufe in den Untersuchungsgebieten diese Anforderungen nicht erfüllen, wurde diese Libellenart auf Fehmarn und Lolland gefunden. Unsicher ist jedoch, ob man in Lolland von einem echten Bestand sprechen kann, da nur zwei Tiere an zwei verschiedenen Orten, die nicht einmal typische Aufenthaltsorte waren, gefunden wurden (Foto:Jan Fischer Rasmussen).

Alte Mergelgruben als Kleingewässer
Sowohl auf Fehmarn als auch auf Lolland finden sich auf den Ackerflächen zahlreiche isolierte kleine Mergelgruben. Diese Kleingewässer sind häufig zugewachsen und die Wasserqualität ist in der Regel eher schlecht. In einigen ist das Wasser jedoch klar und ermöglicht eine vielfältige  Unterwasservegetation, wie Wasser-Hahnenfuß, verschiedene Laichkräuter und Armleuchteralgen. Auf Lolland sind weitere  künstliche Stillgewässer  zu finden. Diese entstanden dort, wo in den 1870er Jahren Material für den Küstendeich abgegraben wurde. Diese alten Deichgräben sind von Schilfrohr umgeben und weisen eine besonders reichhaltige Vogelwelt auf. Auf Fehmarn befindet sich östlich von Presen eine ähnliche Abgrabungsstelle für den Deichbau.

Insgesamt gesehen sind nur wenige Gewässerläufe auf Fehmarn und Lolland von hoher naturschutzfachlicher Bedeutung. Bei den meisten handelt es sich um gerade verlaufende Gräben, die zur Entwässerung angrenzender landwirtschaftlicher Flächen dienen. Auf Fehmarn leben an einzelnen Gewässerläufen verschiedene Libellenarten, wie z.B. die Gebänderte Prachtlibelle.