Der Bau der festen Querung verlangt die Herstellung großer Mengen Baustoffe, die auf dem Wasser- oder Landweg transportiert werden müssen.

Fertigungsanlagen, Schiffe, Lastwagen und Baumaschinen werden mit Kraftstoffen betrieben. Durch Leckagen können Wasser und Boden verunreinigt werden, bei der Verbrennung entstehen CO₂-Emissionen, die zur Klimaveränderung beitragen. Um derartige Umweltrisiken auf ein Minimum zu beschränken, können den Bauunternehmen Auflagen hinsichtlich der Wahl von Maschinen und Arbeitsverfahren gemacht werden.

Risikomanagement auf der Baustelle
Baggerarbeiten auf der Baustelle führen dann zu Umweltverschmutzung, wenn Boden in Gewässer geschwemmt wird oder ein Teil des abgetragenen Bodens verunreinigt ist.

Um die Umweltverschmutzung während der Bauphase auf ein Minimum zu beschränken, müssen Bauunternehmer besondere Auflagen über den Umgang mit Boden und Kraftstoffen befolgen. Im Falle

von Leckagen gewährleistet ein Bereitschaftsplan, dass die Folgen für die Umwelt und den Menschen auf ein Minimum beschränkt werden.

Nach der Eröffnung der festen Querung
Die Eröffnung der Festen Fehmarnbeltquerung führt zu einer Verschiebung des Energieverbrauchs vom Wasser auf Straße und Schiene. Dies wiederum führt zu veränderten CO2-Emissionen und zu Beeinträchtigungen von Wasser, Boden und Luft durch Schadstoffe.

So sammelt sich bei Regen und Schnee Wasser auf asphaltierten Flächen, d. h. auch auf der festen Querung. Dieses Wasser kann Schwermetalle, Erdpartikel, Nährstoffe und Schadstoffe enthalten und zu Verunreinigungen in Seen, Teichen und Wasserläufen führen, wenn es ungeklärt eingetragen wird. Das Risiko einer Verschmutzung von Boden und Wasser kann dadurch gemindert werden, dass Oberflächenwasser gesammelt und vor der Einleitung über einen Ölabscheider und durch ein Rückhaltebecken geführt wird.