Für Seehunde bietet der Fehmarnbelt mit den Sandbänken der Rødsand-Lagune wichtige Ruheplätze. Sie befinden sich südlich von Lolland, ca. 25-30 km östlich der Trassenführung der geplanten Festen Fehmarnbeltquerung. Weniger genutzt werden die Ruheplätze Vitten und Skrollen ebenfalls in der Rødsand-Lagune.

Rødsand ist der einzige Ort Dänemarks mit einem regelmäßigen Kegelrobbenvorkommen. Seit einigen Jahren ziehen die Kegelrobben dort auch Junge auf – erstmals seit dem Beginn des zwanzigsten Jahrhunderts. Daher wird die Rødsand-Lagune als besonders wichtig für die  Erholung des Bestandes angesehen.

Seehunde und Robben bei Rødsand sind Menschen gegenüber sehr scheu, da einige Fischer die Genehmigung besitzen, Seehunde und Robben zu erschießen, die sich ihren Netzen nähern. Daher müssen die Meeresbiologen sehr geschickt vorgehen, um die Tiere einzufangen. Im Rahmen der Umweltuntersuchungen wurde ein Spezialnetz angefertigt. Es ruht auf dem Meeresboden während sich die Seehunde dem Ruheplatz nähern.  Sobald die Tiere innerhalb des Netzumfangs ruhen, kann das Netz per Fernbedienung bis an die Wasseroberfläche angehoben werden (Foto: Rune Dietz).

Flugzeugzählungen
Kegelrobben und Seehunde sind scheue Tiere. Dies bedeutet, dass Lärm und Licht vom Bau und Betrieb der Festen Fehmarnbeltquerung möglicherweise die Tiere, die sich in der Nähe befinden, beeinträchtigen könnte. Um mögliche Auswirkungen beurteilen zu können, untersuchen Meeresbiologen das Vorkommen, die Verteilung und die Nutzung des Lebensraumes der Robben und Seehunde im Fehmarnbelt und in den angrenzenden Gewässern.

Ungefähr einmal im Monat werden Zählungen aus der Luft durchgeführt, z.B. bei Rødsand. Vom Flugzeug aus werden ruhende Seehunde gezählt und fotografiert, um ihre genaue Anzahl und den Anteil von Jungtieren im Frühling zu bestimmen. 

GPS-Sender an einzelnen Tieren
Im Herbst 2009 wurden vier Seehunde und zwei Kegelrobben mit spezialangefertigten Netzen in der Rødsand-Lagune eingefangen und mit GPS-Sendern versehen. Die GPS-Sender erfassen die Position der Tiere, ihre Tauchtiefe bei der Futtersuche und eine Reihe anderer Parameter. Diese Methode ermöglicht eine extrem detaillierte Analyse des Verhaltens und der Lebensraumnutzung dieser Tiere.

Im Rahmen der Umweltuntersuchungen wird auch der Gesundheitszustand der Seehunde untersucht. Hierzu werden Fäkalproben von den Ruheplätzen in der Rødsand-Lagune für die weitere Analyse im Labor entnommen.