Insbesondere während der Bauphase kann nicht verhindert werden, dass die Arbeiten kurzzeitig die Lichtverhältnisse im Meer beeinflussen. Sand, Kies und Schlick können durch die Arbeiten aufgewirbelt werden, bzw. ins Meer gelangen und den Lichteinfall ins Wasser und auf den Meeresboden stören. Der Verlust von Standorten für Pflanzen, veränderte Nahrungsbedingungen und Bodenverhältnisse und die Änderung von Strömungsverhältnissen können mögliche anhaltende Folgen der Fehmarnbeltquerung sein.

Pflanzen - die Grundlage des Ökosystems
In manchen Sommern gibt es ein hohes Aufkommen von Planktonalgen im Fehmarrnbelt, wenn die Blaualgen in großen Mengen blühen. Auf dem Meeresboden leben Pflanzen wie Seegras und Seetang, teilweise auf dichten Wiesen, die als Lebensraum unersetzlich sind und die als Kinderstube und Nahrungsquelle für Kleinstlebewesen, Fische und Vögel fungieren.  

Die Meerespflanzen bilden die Grundlage für die Nahrungsquellen des Meeres. Eine Reduktion der Pflanzenvegetation und dessen Verbreitung kann die Lebensbedingungen der Tiere beeinträchtigen. Durch das Wissen, dass bei anderen Infrastrukturprojekten gewonnen wurde, sind wir davon überzeugt, dass nicht

anzunehmen ist, dass große Beeinträchtigungen als Folge der Fehmarnbeltquerung auftreten werden. Bestimmte Pflanzen werden jedoch über einen kürzeren oder längeren Zeitraum beeinträchtigt werden.

Schlechtere Lichtverhältnisse im Fehmarnbelt können z. B. die Ausbreitung von Seegras und Seetang beeinträchtigen. Pflanzenarten, die mit wenig Licht auskommen, können sich auf Kosten von Pflanzenarten ausbreiten, die mehr Licht benötigen. Gebiete mit Pflanzenvegetation können auf niedrigeres Wasser begrenzt werden, in denen die Trübung sich weniger störend auswirkt.

Computermodelle helfen bei der Umweltverträglichkeitsuntersuchung
Die Artenvielfalt und die Ausbreitung der Meerespflanzen sind zentrale Themen für die Untersuchung der Umweltverträglichkeit der Querung. Es werden daher intensive Untersuchungen des momentanen Zustands und der Umwelteinflüsse der unterschiedlichen Formen einer Fehmarnbeltquerung und der verschiedenen Methoden beim Bau durchgeführt und gründlich analysiert. So werden beispielsweise die Auswirkungen der Baggerarbeiten mithilfe von fortschrittlichen mathematischen Computermodellen simuliert.