Sedimenteintrag kann das Pflanzen- und Tierleben beeinflussen und badende Menschen an den Stränden in der Nähe stören. Eine der zentralen Aufgaben für die Planer der festen Querung ist daher, die beste Lösung für eine Begrenzung des Sedimenteintrags zu finden. Dies gilt für die verwendeten Methoden, die verwendeten Maschinen und die Zeitpunkte, an denen Material verschüttet wird. 

Badewasser, Tiere und Pflanzen
Sedimenteintrag beeinträchtigt in höherem Maße die Bedingungen für Tiere und Pflanzen. Der sichtbare Effekt dieser Partikel ist trübes, unklares Wasser. Die Partikel nehmen Meerespflanzen einen Teil des Lichts, das diese zum Wachstum benötigen, und können sogar Nährsalze und Schadstoffe im Wasser freisetzen. Änderungen in der Artenvielfalt und im Gleichgewicht zwischen den Algen und der Vegetation am Boden und zwischen den Pflanzen am Boden untereinander können mögliche Folgen sein. Erreicht das trübe Wasser einen Badestrand, lädt es nicht gerade zu einem Sprung in das kalte Nass ein, eine Gefahr für die Badegäste besteht jedoch nicht.

Wenn sich das Sediment am Boden absetzt, deckt es Pflanzen und Tiere am Meeresboden ab. Dies ist insbesondere für junge Pflanzen und Tiere, aber auch für Fischeier problematisch. Es ist daher auch von großer Bedeutung, zu welcher Jahreszeit Sediment verschüttet wird.

Computermodelle zeigen den Weg des Sediments
Um eine genaue Beschreibung des Sedimenteintrags und der Ablagerung am Boden zu erreichen, werden Computermodelle verwendet, mit denen der Weg des Sediments berechnet werden kann. Sie zeigen außerdem, wie hoch die Konzentration im Wasser ist und wo sich die Partikel absetzen.

Diese Modelle wurden von Experten mit ihrem Wissen über den Meeresboden, das Meerwasser und die Strömungsverhältnisse programmiert. In die Modelle fließen zum Teil Daten früherer Untersuchungen ein, es werden jedoch auch neue, umfangreiche Untersuchungen des Meeresbodens und der Dynamik des Wassers im Fehmarnbelt und im Meer um den Fehmarnbelt durchgeführt. Die Ergebnisse dieser Modelle werden für die bestmögliche Planung der Entwürfe und der Bauarbeiten verwendet, und um die Einflüsse auf die Pflanzen zu bewerten.